ההבדל העיקרי בין EV3 ל-NXT הוא האיכות של הרכיבים. ב-EV3 רוב החיישנים מתפקדים יותר טוב, ומעבירים מידע יותר מהר. בנוסף לכך ה"בלוקים" של מעבד המידע מעבדים יותר מהר. דבר נוסף, הוא שהמהירות המקסימלית של מנועי EV3 יותר גדולה.

אחד ההבדלים הגדולים ביותר בין שני הבקרים, הוא של-EV3 ישנם  4 חיבורים למנועים, אך ב-NXT יש רק 3 חיבורים.

שינוי משמעותי נוסף, הוא ממשק התכנות של הEV3. ממשק התכנות של EV3 מאפשר פונקציות ופקודות רבות יותר, והתוכנה עצמה יותר נוחה למשתמש.